年夜部门卵白质份子于合成出来之后，能于适量的前提下自觉地折叠形成特定的三维布局，从而实现其生物学功效。假如能用计较机模仿卵白质折叠的历程，不仅可以猜测其自然态布局，并且可以研究这类神奇的自觉有序化的机理。然而，卵白质折叠的份子动力学（MD）模仿仍旧是个挑战，需要正确的物理模子（力场）及充足长的计较时间。最近几年来，D.E. Shaw研究中央投入巨资设计制造了专门用在MD模仿的超等计较机Aton，使用他们开发的Char妹妹22*力场，倒霉用任何已经三木SEO-知的卵白质布局信息，实现了对于12个快速折叠的卵白质份子的折叠模仿（Science 2011）。但最近几年来并无课题组使用凡是能得到的计较资源乐成实现年夜范围的重新折叠模仿。吴云东传授课题组利用本课题组自立开发的残基特异力场（RSFF1），并使用副本互换份子动力学（REMD）模仿来提高构象取样的效率，乐成折叠了这12个卵白质。别的还有折叠了两个Char妹妹22*力场不克不及很好不变的卵白质。此研究注解了RSFF1力场的上风，以和REMD要领的效率。于模仿中还有发明卵白于非折叠态就已经经存于相称多的二级布局，别的还有发明折叠历程的“磨擦”约为2.5 kcal/mol。该结果以通信（co妹妹unication）情势发表于近期的《美国化学会志》上。文章链接：http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja502735c该文章由我院的吴云东传授及蒋帆博士配合完成，获得了国度天然科学基金（21133002, 21203004），深圳市孔雀规划项目，以和深圳市重点试验室项目（计较化学与药物设计）的撑持。
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